A nap folyamán Pio atya fő tevékenysége a gyóntatás volt. Lehetetlen volt hazudni Pio atyának a gyónás során. Belenézett az emberek szívébe. Gyakran, amikor a bűnösök félénkek voltak, Pio atya gyónás közben maga sorolta fel bűneiket. De szigorúan megfeddhetett valakit, aki nem volt hajlandó bevallani valamelyik bűnét. Pio atya minden hívőt legalább hetente egyszer gyóntatásra hívott. Azt szokta mondani: "Még ha zárva is volt a szoba, a hét vége után ki kell porszívózni."